Это странно. Одно дело скачать что-то не то и подцепить вирус, совсем другое когда вирусы находятся систематически.
Можно проверить при помощи любого live cd/usb:
https://www.esetnod32.ru/download/utilities/livecd/
https://support.kaspersky.ru/viruses/rescuedisk
http://www.avg.com/us-en/rescue-cd-business-edition
http://zillya.ua/ru/zillya-livecd
https://www.avira.com/ru/download/product/avira-rescue-system
http://http://www.freedrweb.com/livedisk/download.bitdefender.com/rescue_cd/
http://www.avescan.ru/download/
http://www.f-secure.com/en_EMEA-Labs/security-threats/tools/rescue-cd
Проблема с вирусами решается просто:
1. Заменить файл hosts на новый, с сайта winhelp2002.mvps.org - прямая ссылка на загрузку
http://winhelp2002.mvps.org/hosts.zip
в результате основная часть рекламы и прочей ненужной ерунды заблокируется.
2. Использовать браузер с adblock plus. Например, firefox - с adblock plus, NoScript, Ghostery, Disconnect, RequestPolicy. (просто примерный набор дополнений)
3. Качать нужные файлы с проверенных источников. Есть nnm, rutracker, ru-board и куча форумов подобных этому. Везде где есть элементарная модерация и открытые комментарии под публикацией - вирусов быть не может. Если в таком случае кто-то выложит материал с чем-то лишним, в комментариях сразу разберутся и материал будет удален. (на nnm однажды выложили репак игры с вшитым майнером. После первых же комментариев удалили)
4. Внимательно смотреть что качаешь и ставишь. Некоторые скачивают DoctorStrangeHDrip1080p.exe на 5 мб и удивляются, почему у них вирусы. В множестве программ при установке ставятся амиго / яндекс браузер и еще куча барахла, надо только галочки снимать.
Можно ставить nod + outpost firewall. Или просто nod если фаер как таковой не нужен.